精耕貨運33年，目前廈航貨運經營廈門航空，代理南方航空、河北航空以及江西航空的貨郵運輸業務。截止2017年5月，廈航機隊規模達到168架飛機，以廈福泉省內、杭州、北京、天津、長沙等基地為核心，航線網絡覆蓋全中國、輻射東南亞和東北亞，隨著悉尼、墨爾本、溫哥華、西雅圖、紐約、阿姆斯特丹等洲際航線的陸續開通，目前國內航線達到156條、地區航線16條，國際航線36條（洲際航線7條），每周執行航班3000余個。依托廈門航空完善的航班網絡資源及腹艙運力資源，廈航貨運服務網絡覆蓋全中國、輻射東南亞和東北亞，連接歐洲、美洲和大洋洲。
廈航貨運擁有廈門、福州及杭州三個自有貨站，廈門進出港貨物處理能力達到12萬噸/年。2005年至今，廈航貨運累計運輸貨郵191萬噸，保持了貨郵運輸量的平穩增長。2016年廈航貨運共完成貨郵運輸量22萬噸，實現貨郵收入5.5億元。未來5年，隨著機隊規模的壯大，尤其是寬體機的引進，貨郵運輸量預計將達到40萬噸。
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